Les contrôles ont vocation à s’assurer que :

• les conditions d’élaboration du produit sont conformes à celles qui figurent dans le cahier des charges du produit. Ces contrôles s’effectuent donc, à tous les stades de la vie du produit et chez tous les opérateurs, selon les fréquences définies dans le plan de contrôle et selon les modalités définies dans le plan (visuel, documentaire, analyse,…). 
• le produit obtenu correspond bien aux caractéristiques figurant dans le cahier des charges. Des dispositions relatives à ce contrôle sont obligatoirement prévues lorsque le produit est sous AOC/AOP. Pour les IGP et les STG, elles sont mises en œuvre lorsque le cahier des charges prévoit des caractéristiques organoleptiques. .

Pour les AOC/AOP, l’examen organoleptique auquel sont soumis les produits, selon les fréquences définies dans les dispositions relatives aux contrôles, est effectué par une Commission d’examen organoleptique composée de professionnels compétents et d’experts, sous la responsabilité de l’organisme de contrôle, dans des conditions garantissant un examen indépendant et impartial des produits. La finalité de ce contrôle est de s’assurer que les produits en question correspondent bien au produit attendu, tel que défini par l’ODG, pour le cahier des charges concerné.

Des analyses (recherche de composants, mesure du taux de présence d’ingrédients ou de certains paramètres caractéristiques du produit…) peuvent également être prévues par le plan de contrôle ou d’inspection. Elles doivent être effectuées par des laboratoires, choisis par l’organisme de contrôle et sous leur responsabilité, sur une liste de structures habilitées par l’INAO.